Com um formato itinerante, a Diretoria da FBTC é eleita a cada dois anos durante o Congresso Brasileiro de Terapias Cognitivas (CBTC). A Diretoria escolhida para o biênio é formada por Presidente, Vice-Presidente, 1º Secretário, 2º Secretário, 1º Tesoureiro, 2º Tesoureiro, Coordenador de Comissões, Editor Chefe da RBTC, Representante das ATCs e Suplentes, contemplando membros de diferentes estados. As principais atuações do Corpo Diretor estão relacionadas à divulgação, educação e pesquisa científica relacionada à prática das terapias cognitivas e contextuais. Envolvem, portanto, organização de eventos científicos, fomento à pesquisa e intercambio com profissionais de outras áreas. A Diretoria é também responsável pelo balanço financeiro.